Ich bin mir nicht sicher, ob ich Dein Problem richtig verstehe.
Wenn Du eine 3,00 m Geschosshöhe hast, und darin Wände mit 2,70 und eine Decke mit 0,30m, dann verschiebt sich bei der Geschosserhöhung um 20cm die Decke 20cm nach oben. Es entsteht also eine Lücke zwischen Wänden und Decke. Um diese zu schliessen musst Du die Wandhöhen anpassen / erhöhen.
Zum Beispiel mit Suchen/Aktivieren > Wände > Höhe ändern.
Wenn sich Dein Gebäude ineinander schiebt, verringerst Du wohl Geschosshöhen.
Dann müsstest Du die Wandhöhen verringern.
Die Geschosshöhen haben ja immer mit der Lage der Decken zu tun. Vergleiche auch Bezugshöhe (Projektursprung oder Geschoss).
Hilft das?