Ich vermute, dass die ursprüngliche Datei eine Favoritenliste .prf mit Elementen hat, die in der Favoritenliste deiner Datei nicht existieren. Darum findest du sie nicht und kannst sie nicht löschen.
Wenn du die Favoriten der "alten" Datei importieren kannst, sollte die Meldung weg sein. Natürlich müssen die dazugehörenden Bib-Elemente ebenfalls in der geladenen Bibliothek vorhanden sein. Wenn die Datei von "auswärts" kommt würde ich um eine .pla Datei bitten.