Das geht selbstverständlich auch dann, wenn man mit einem Modellprojekt arbeitet, dessen Ausschnitte in einem Layoutprojekt verknüpft sind.
Die Index-Erstellung passiert dann aber im Layout Projekt. Vor der Aktualisierung muss unbedingt das Modellprojekt gespeichert werden.
Was ich bisher nicht getestet habe ich das Verhalten, wenn es mehrere Modellprojekte gibt bzw. ob die Änderungen bei Verknüpfungen mit PMK Dateien erkannt werden.