Die Aussage des Händlers ist prinzipiell nicht falsch - wenn auch scheinbar unvollständig.
Das Hardware-Gerät (also den Dongel an sich) kannst Du auch nach dem Update weiter verwenden. Allerdings mußt Du Deinen Startedition-Dongel über das Internet auf die aktuelle, von Dir erworbene version upgraden.
Wie das funktioniert wird in folgendem Quickhelp erklärt, was für ARCHICAD 11 geschrieben wurde aber exakt so auch für die SE funktioniert:
Dongelupgrade mittels Direktfreischaltung