Pfade sind stets nur pro Publisher Set, nicht aber pro Ordner oder gar Datei einstellbar.
Entweder kommst du mit "Verzeichnisstruktur beibehalten" ans Ziel; oder du erstellst ein neues Publisher-Set.
Beides nicht unbedingt meine Favoriten, aber GS hat sich nunmal entschieden die Publisher-Sets nach Pfaden zu unterteilen, und nicht nach Dateiformat (denn jenes lässt sich ja innerhalb eines Sets wechseln!).