So ist das nun mal: Rechner sind dumm und Programme auch.
Wenn ich Dein ArchiCAD wäre und finde zwei Wände, die spitz aufeinandertreffen, würde ich fragen: Und welche Wand hat nun "Vorfahrt"? Nachdem Du mir das anscheinend nicht gesagt hast, weiß ich es nicht, kann mir keiner einen Vorwurf draus machen und darum verschneide ich die beiden Wände mit Gehrung. Sieht blöd aus, zugegeben, aber ich bin ja nur ein ArchiCAD.
Lösungsmöglichkeit 1: Du sagst mir wirklich für jede Wand, welche Wandschraffur vor welcher Wandschraffur Vorfahrt hat. Da wirst Du Dir zu Recht sagen: ich bin doch nicht blöd!
Lösungsmöglichkeit 2 (und genau so ist es in ArchiCAD gelöst): Du sagst mir durch die Anordnung der Konstruktionslinie in den Fällen, wo es notwendig ist, welche Wand Vorfahrt hat. Da wirst Du Dir zu Recht sagen: Ist doch gar nicht so blöd!
Wie Kollege Zeike schon meint einfach mal nachsehen beim ArchiTIPP "Korrekte Wandanschlüsse":
http://www.architipp.de/tshow.php3?f_tid=177 oder auch weitere Tricks für Wände "Wände abrunden und abschrägen":
http://www.architipp.de/tshow.php3?f_tid=135