既に拡張名のついているレイヤーを選択して「選択項目から新規作成」すると、レイヤー名ではなく拡張名に(1)が追記されます。

これをレイヤー名に(1)がつくようにしてほしいです。

理由:
この機能を使う場合は同じレイヤーセット表示状態にしたいけど別の要素場合(例えばRC梁のレイヤーから鉄骨梁のレイヤーを作る)が多いと思います。
であれば、この機能でレイヤーを作成後、拡張名というジャンルを示唆する部分ではなくレイヤー名を変更することがユーザー操作としては自然です。
レイヤー名と拡張名、両方を変更しなければならないのはなかなか手間です。