クイックレイヤーパレットでレイヤーを非表示にするとレイヤーセットは「カスタム」になります。

現在の状態を新規レイヤーセットとして登録するには「+ 新規...」から追加すれば良いですが、
すでに設定されているレイヤーセットを現在の状態で更新(上書き)はできません。

その都度別名のレイヤーセットで保存したりするとゴチャゴチャになります。
レイヤーセットを表示
↓
表示してほしくない要素があったのでクイックレイヤーパレットで非表示
↓
もとのレイヤーセットを更新
は普通に行うフローだと思うので改善していただけると嬉しいです。