クイックレイヤーパレットでレイヤーを非表示にするとレイヤーセットは「カスタム」になります。
現在の状態を新規レイヤーセットとして登録するには「+ 新規...」から追加すれば良いですが、
すでに設定されているレイヤーセットを現在の状態で更新（上書き）はできません。
その都度別名のレイヤーセットで保存したりするとゴチャゴチャになります。
レイヤーセットを表示
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表示してほしくない要素があったのでクイックレイヤーパレットで非表示
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もとのレイヤーセットを更新
は普通に行うフローだと思うので改善していただけると嬉しいです。
オープン