クイックレイヤーパレットでレイヤーを非表示にするとレイヤーセットは「カスタム」になります。 現在の状態を新規レイヤーセットとして登録するには「+
新規...」から追加すれば良いですが、 すでに設定されているレイヤーセットを現在の状態で更新(上書き)はできません。
その都度別名のレイヤーセットで保存したりするとゴチャゴチャになります。 レイヤーセットを表示 ↓
表示してほしくない要素があったのでクイックレイヤーパレットで非表示 ↓ もとのレイヤーセットを更新
は普通に行うフローだと思うので改善して...